Thomas Gegenhuber wurde mit zwei Lehrpreisen der wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der Leuphana Universität sowie dem JKU Linz Kepler Award ausgezeichnet.

Thomas beteiligt sich auch an digitalen und universitätsübergreifenden Lehrformaten:
LOST group (Leuphana Organization Studies Group) (2023): “Qualitative Research Methods“
LOST group (Leuphana Organization Studies Group) (2023): “Advanced Qualitative Research Methods“
Organizing in Times of Crisis: Kollaborativer und offener Masterkurs für BWL- Studierende. Dieser Kurs wurde organisiert von Prof. Leonhard Dobusch und Prof.in Elke Schüßler und mit einem internationalen Lehrpreis ausgezeichnet.